ミニストップは加盟店とのフランチャイズ（FC）契約制度を見直し、店舗売上高から商品原価を引いた売上総利益から人件費や商品廃棄ロス、固定費などを差し引いた事業利益を加盟店と本部で折半する形に改めた。新たな契約形態を「ミニストップパートナーシップ契約」と名付け、2021年9月から運用を開始する。
現行のFC契約では、売上総利益の一定割合を本部にロイヤルティ（経営指導料）として支払い、人件費や商品廃棄ロスなどは加盟店が全額負担していた。コンビニエンスストア業界では、加盟店の利益に関わらず本部が一定のロイヤルティ収入を得られるこうした契約（粗利分配方式）が一般的だが、ミニストップの新たなパートナーシップ契約では、店舗の事業利益が増えなければ、本部の収入も増えない。
ミニストップの試算によると、日販40万円の店舗では現行のFC契約でも新パートナーシップ契約でも加盟店の純利益は変わらないが、日販50万円の店舗の場合は新パートナーシップ契約の方が純利益は約15％増加する。
また、24時間営業が原則となっている営業時間についても、加盟店が柔軟に選べるようにする。ミニストップでは2019年9月から時短営業の実験を開始、20年3月から運用を始めた。9月1日時点で222店舗が時短営業を行っている。
